Cet espace hypogée est connu comme la Crypte des Abbés pour la fonction précédente de monastère olivétain attribuée au bâtiment. Les abbés, les figures les plus éminentes de l’ordre, ont utilisé cet espace, situé sous l’autel principal, pour accueillir leurs dépouilles mortelles.

La Crypte des Abbés apparaît comme un espace elliptique, décoré avec un escalier imposant à double rampe, orné de fresques bien conservées qui représentent les arbres d’une forêt sacrée, parmi lesquelles la scène du Calvaire se distingue comme un souvenir impérissable de la Passion du Christ.
La présence, dans l’hypogée, d’une longue série de récipients d’égouttage précise qu’il avait encore une autre destination essentielle, c’est à dire celle d’être un lieu d’expiation et d’enterrement des morts à travers la pratique de l’égouttage des cadavres.
La Crypte des Abbés a été choisie, récemment, comme lieu de conservation des dépouilles mortelles sauvées après la démolition de l’église de San Giovanni dei Fiorentini à Naples. On estime extraordinairement qu’on peut retrouver parmi ces dépouilles mortelles celles-là de Bernardo Tanucci, homme de confiance, d’abord, de Charles de Bourbon et, puis, de Ferdinand IV.
Intellectuel et fils du siècle des Lumières, Tanucci a travaillé avec beaucoup de détermination pour donner un nouveau visage au Royaume de Naples, dans le but d’en faire un État souverain dans lequel la plus grande richesse était représentée par le peuple: il a tenté de déstabiliser le système féodal qui était profondément enraciné dans tout le territoire et donc l’oppression que ce régime exerçait; il a réduit le clergé et les avantages dont il profitait et il a développé un système d’éducation publique.

Selon des sources les dépouilles mortelles de Tanucci ont été déplacées dans une caisse en bois dans la « Crypte des Lombards » et probablement elles sont encore aujourd’hui conservées dans sa terre sainte.