Questo vano ipogeo è noto come Cripta degli Abati per la precedente funzione di monastero olivetano attribuita all’edificio. Gli Abati, figure più eminenti dell’ordine, utilizzarono questo spazio, posto sotto l’altare maggiore, per accogliere i loro resti mortali.

La Cripta degli Abati si presenta come un ambiente ellittico, reso elegante da un’imponente scala a doppia rampa, decorato da affreschi ben conservati raffiguranti gli alberi di una foresta sacra, tra i quali spicca al centro la scena del Calvario a memento imperituro della Passione di Cristo. La presenza, all’interno del vano, di una lunga serie di scolatoi, ne chiarisce però un’altra centrale destinazione: quella di luogo di espiazione e sepoltura dei defunti attraverso la pratica della scolatura. La Cripta degli Abati, in tempi recenti, è stata scelta come luogo di custodia dei resti salvati alla demolizione della chiesa di San Giovanni dei Fiorentini di Napoli tra cui è straordinariamente annoverato anche Bernardo Tanucci, uomo di fiducia prima di Carlo di Borbone e poi di Ferdinando IV.

Colto intellettuale e figlio dell’illuminismo, Tanucci lavorò con grande tenacia per dare un nuovo volto al Regno di Napoli, nel tentativo di renderlo uno Stato sovrano in cui la più grande ricchezza fosse rappresentata dal popolo: tentò di scardinare il sistema feudale fortemente radicato su tutto il territorio e quindi l’oppressione che tale regime esercitava; ridimensionò il Clero ed i benefici di cui godeva ed elaborò un sistema di istruzione pubblica. Da alcune fonti emerge che i resti mortali di Tanucci furono spostati in una cassa di legno nella “Cripta dei Lombardi” e che, verosimilmente, ancora oggi siano conservati nella sua terrasanta.